基于结构的药物设计-小分子药物设计-康昱盛

依托强大的分子模拟功能和简单易用的软件界面，MOE已逐渐成为药物化学家们青睐的分子模拟软件之一。MOE具备完善且强大的功能，即时科研人员对计算化学了解较少，也可以迅速上手，利用MOE进行基于结构的药物设计。

药物筛选发现

分子对接

MOE的配体—受体对接方法易用且实用，您可以使用分子对接功能将小分子对接到大分子的结合口袋当中，也可以利用MOE导入或生成小分子构象库。MOE当中定义非常多的分子对接算法和打分函数类型，您可以选择最适合内部体系的算法，也可以同时使用药效团来限定重要的相互作用。

PLIF “蛋白配体”相互作用指纹图谱

PLIF将小分子和蛋白残基的相互作用以指纹图谱形式表征，通过叠合一批蛋白配体复合物，MOE可以进行结构分析，得到重要残基和相互作用信息，并以此构建模型，用于筛选。

2D活性位点相互作用图

在MOE中，您可以一键生成蛋白—配体相互作用图，并从图片中获取结合位点的极性，疏水性，酸碱性残基信息，并观察配体的溶剂暴露和蛋白结合位点，以及骨架、侧链氢键相互作用。

基于片段的药物设计

您可以在受体结合口袋中寻找适合片段结合的位点、预测结合方式，也可以在结合口袋中寻找多个潜在的结合片段。利用MOE当中的化合物设计方法，您您可以灵活且方便地竞选基于片段的药物设计。

1. 骨架置换

在MOE中，保留原始的化合物片段连接方式，用户可以在特定骨架或片段数据库中检索骨架，从而找到新颖的化学结构，实现骨架跃迁。

2. 片段生长与连接

通过晶体结构解析或计算机模拟，用户可以发现与受体活性位点有更好结合活性的化学片段。借由MOE强大的交互性能，您可以在靶标结合空腔里直接进行片段生长，从而寻找能增强亲和力或改善ADMET性质的片段。

3. MedChem转化

从化学界获取化学转化创意，MOE可以帮助用户从已存在的化学转化规则里获得全新的化合物。通过交换官能团或改变环状结构，您可以从原有化合物里生成全新的小分子，并循环使用，不断累积并改变结构。如果已经知道小分子的受体，甚至可以利用分子力场方法来优化结合模式，并利用对接模拟方法评估生成的小分子。

4. BREED

3D配体生成器BREED算法将遗传算法中的“交叉重组”理念用于新颖分子结构的生成。通过交换已知配体的部分结构，您可以获取全新化学创意。用户也可以利用分子描述符、QSAR模型或药效团等来优化生成结构。如果受体已知，也可以利用对接模拟来生成新的化合物分子。