OmicsBox是一体式的生物信息学软件，提供基因组，转录组以及宏基因组端对端NGS数据分析。OmicsBox被全球顶尖研究机构使用，能够让研究人员轻松处理大型复杂的数据集，并简化分析过程。OmicsBox被设计成用户友好、高效，并拥有一套强大的分析组学数据的工具集。
OmicsBox在结构上分为不同的模块，每个模块都有一套特定的工具和功能，旨在进行不同类型的分析，如基因组从头组装、遗传变异分析、差异表达分析和微生物组数据的分类，包括功能注释和可视化结果。功能分析模块，包括经典的Blast2GO注释方法，使OmicsBox特别适用于非模式生物研究。
基因组分析模块是一个高效和用户友好的工具集，用于描述和分析基因组序列。使用FastQC和Trimmomatic进行质控，然后使用经典算法如ABySS、SPAdes和Flye进行全基因组序列的组装。BWA和Bowtie2用于read比对，还有用于基因预测前的重复序列鉴别和屏蔽的工具。OmicsBox通过结合基因组序列、比对、内含子-外显子结构和变异数据的轨道（tracks）实现注释的可视化。
» 质控和评估
» 基因组Mapping和组装
» 重复序列屏蔽和基因查找
» 基因组管理工具
遗传变异模块可以进行变异识别、过滤和注释，以及全基因组关联研究，将遗传变异与特定性状或疾病联系起来。该模块使用BCFtools和FreeBayes为变异识别和过滤提供两种分析策略。由此产生的VCF文件可以通过Ensembl的Variant Effect Predictor进行注释，并且可以进行全基因组关联研究，以确定与特定性状相关的遗传变异。
» 快速变异识别和过滤
» 支持GBS和WGS数据
» 自定义变异注释
» 全基因组关联研究
转录组学模块允许以灵活、直观的方式处理RNA-Seq数据，从原始读数到功能分析。质控后，使用STAR或BWA与参考基因组进行比对，或使用Trinity进行转录组从头组装。编码区可以被预测，并且可以用HTSeq或RSEM进行量化表达。NOISeq、edgeR或maSigPro等统计软件包检测差异表达基因。单细胞RNA-Seq工具可识别细胞群和谱系轨迹。富集分析被整合到一起，可以很容易地识别基因功能倾向性。
» 从头组装和比对
» 差异表达分析
» 长读取转录组学
» 单细胞RNA-Seq
功能分析模块提供了生物学背景作为分析选项。Blast2GO方法允许通过基于云的Blast、InterPro和EggNog搜索产生的快速比对、域和同源信息，灵活地为新序列分配功能标签。此外，富集方法如Fisher's Exact Test和GSEA，可以识别过度和不足的生物功能。联合途径分析确定了任何序列集的Reactome和KEGG通路，允许途径富集计算并提供丰富的可视化见解。
» 基本序列分析
» Blast2GO功能注释
» 富集分析
» 与KEGG的途径分析
宏基因组学模块实现了对微生物组数据的分析，包括宏基因组的组装、注释和分类。Kraken识别微生物，直至菌种水平，MetaSPAdes和MEGAHIT在云端可快速地组装大型数据集。FragGeneScan和Prodigal识别和提取可能的基因和蛋白，并可利用各种数据库进行功能注释。统计测试可以通过丰富的可视化来帮助识别样本之间分类和生物功能的丰度。
» 宏基因组组装
» 分类学分类
» 功能注释和分析
» 比较分析
OmicsBox基础平台功能还包括：
设计、运行和保存工作流
基因组浏览器
FastQC质量控制工具
通用图表（条形图、饼图等）和维恩图
访问文件管理器、支持邮件、应用程序管理器、云使用
加载、查看和导出所有支持的文件类型 (.box, .b2g, .fasta, . fastq, .gff, .vcf., .bam等)
全球已有500+家机构选择OmicsBox，受到15000+次的科学研究引用。OmicsBox可在任何装有Windows、Linux或Mac的标准PC或笔记本电脑上安装使用。
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