Mascot系列软件：Mascot是针对质谱数据，利用蛋白质序列数据库、谱图数据库比对检索的方法来鉴定样本中蛋白质定性、定量以及翻译后修饰的行业标准软件。主要包含Mascot Server、Mascot Distiller、Mascot daemon。
Mascot Server：是目前大多数质谱仪器进行蛋白质鉴定标准软件。它支持并能够嵌入的质谱系统包括来自于：AB Sciex、Agilent、Bruker、Jeol、Shimadzu、Thermo Scientific、Waters的蛋白质谱仪。Mascot Server架设在基于HTTP的网络服务中，可以支持从本地或网上提交任意数量的谱图进行搜库鉴定和定量。同时Mascot提供了一个自动化、标准化的数据库上传管理、数据结果解读、导出方案。帮助您不但可以构建面向各质谱仪的数据分析平台，而且可以向整个学校的用户提供在线的分析结果查看和报告输出服务。Mascot Server提供PMF、MS/MS Ion search、Sequence Query三种数据库检索方式。
Mascot Distiller: 一体化的处理所有类型质谱原始数据的平台。能够读取、查看质谱原始数据，优化谱峰提取、校正谱图错误，获得高精度、高质量的谱峰信息；同时提供Sequence Tag、De Novo Sequencing功能，并且能够兼容N15、O18、SILAC、二甲基化等MS1定量方法。
Mascot Daemon：是一个整合在Server中并能联用Distiller的客户端程序。能够快捷的帮您批量进行谱图提取、蛋白鉴定、定量等工作。自动化、大批量提交各类质谱数据进行搜库鉴定或定量，自动生成结果报告。
Scaffold系列软件：国际领先的蛋白质谱数据库搜索结果评估工具。能兼容目前几乎所有的搜索平台（如Mascot、SEQUEST、Maxquant、Protein Discoverer等）的分析结果，进行合理的质控评估和数据整合整合，从而大大增加蛋白质谱鉴定的准确性和客观性，帮助用户更好更全面地理解质谱分析的结果。Scaffold系列软件主要包括Scaffold、Scaffold Q+S、Scaffold PTM三款软件。
Scaffold：蛋白质组学鉴定结果整合、可信度分析平台。能对大规模蛋白质鉴定完整的搜库结果进行数据整合、比较、统计评估，产出高质量的分析结果，为MCP文章发表数据分析标准软件。
Scaffold Q+/Q+S：蛋白质组学定量结果整合、评估平台。能对常用的基于质谱的定量方法（如Label-Free、iTRAQ/TMT、SILAC等）及相关软件（如Maxquant、Protein Discoverer、Mascot等）产出的结果进行数据重组及质控评估，使得大规模的组学定量实验结果分析能够完全自动化进行。
Scaffold PTM：蛋白质翻译后修饰位点鉴定结果置信度评估平台。基于搜库结果的翻译后修饰位点置信度评估，MOTIF鉴定及非标记定量，兼容PEAKS 后修饰鉴定结果。
Omicsbox：权威的序列功能自动注释、验证及富集分析的软件。集成了GO，InterPro，KEGG等数据库信息，结合BLAST同源比对功能，使您能够快速知道相应序列的功能信息。
Ingenuity Pathway Analysis：是一款基于网络的简单易用的一体化图形分析及各种组学数据分析、挖掘的专业平台。IPA强大的数据分析和搜索能力能帮助更好地理解数据、具体靶标或者更大规模生物、化学系统下的候选生物标记。其应用范围包括靶标的发现及验证、代谢组学研究、先导化合物的验证及作用机理研究、毒性及安全性评估、生物网络模拟及分析、生物标记物研究等，是目前该领域使用范围广认可度高的通路分析工具。
基于Mascot鉴定的质谱工作流程：针对原始数据使用Mascot Distller将Raw文件转化为MGF格式谱峰列表，然后使用Mascot Server进行查库分析，产出的结果使用Scaffold进行数据质控和统计分析，最后对于鉴定到的蛋白质使用Omicsbox进行GO和KEGG分析。
基于Mascot定量分析的质谱工作流程：Mascot Distiller将Raw转化为MGF谱峰列表，然后配合Mascot Server进行定量蛋白质组学分析，查库结果使用Scaffold Q+/Q+S进行数据质控和统计分析，最后对于定量结果使用Ingenuity Pathway Analysis进行经典通路、上游调控因子、生物功能、调控子效应和蛋白互作网络分析。
基于Mascot定量修饰蛋白质组质谱工作流程：针对原始数据使用Mascot Distller将Raw文件转化为MGF格式谱峰列表，然后配合Mascot Server进行修饰定性定量分析，产出的结果使用Scaffold Q+/Q+S和Scaffold PTM进行修饰位点定量结果质控和统计分析，最后将质控过后的结果使用Omicsbox进行GO、KEGG分析
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Mascot Distiller 几乎可以查看和处理所有目前市场主流仪器类型采集的原始数据。数据文件可以是单一的、低分辨率的质谱扫描结果，也可以是采集于复杂的、高分辨的DDA（数据依赖型采集方法）实验的质谱结果。
Mascot软件工具是针对质谱数据，主要利用肽段序列数据检索的方法来鉴定样本中蛋白质的组成以及翻译后修饰。
我们将于3月22日举办在线讲座，为大家介绍Mascot和Scaffold软件的功能，展示分析结果，并通过软件实操让大家更加直观地了解蛋白质组学完整数据分析流程。
康昱盛将于4月27日至28日在北京举办第七届蛋白质组学鉴定行业标准软件Mascot培训班。
康昱盛将于2023年7月14日举办“2023抗体药物发现与设计专题研讨会”
讲座主题：如何使用Mascot进行基础蛋白质定量分析？
本期康昱盛将分享Top-Down蛋白质组学数据策略，包括数据上传、峰提取参数、搜索参数设置和结果导出，助您熟练运用Mascot软件解决Top-Down蛋白质组学挑战。
