一、 软件平台介绍
Scaffold软件是由位于美国的长期致力于质谱软件开发的Proteome Software公司开发
的一款软件，旨在帮助科学家对搜库软件产出的结果进行质控分析和可视化展示，兼容几乎所有的搜索平台，例如：SEQUEST, Mascot, MaxQuant, X! Tandem和PD等，并对这些结果进行统一搜库结果重组和质控评估，自动生成各类结果报告统计图表。兼容各类标记定量结果的分析和评估，也兼容基于谱图计数和MS2强度的非标记定量方法。
二、 Scaffold分析流程图
提供整合的批处理模块并且与多个组学集成解决方案提供商合作，产出高质量的分析结果，为MCP文章发表数据分析标准软件，集成MCP数据结果报告、原始数据及鉴定结果上传模块。
三、 Scaffold系列软件介绍
Scaffold系列软件主要包括Scaffold、Scaffold Q+/Q+S、Scaffold PTM。
1、 Scaffold——蛋白质组学鉴定结果整合平台
蛋白质鉴定结果可信度分析平台
●任意比较不同实验重复、不同仪器、不同条件的多组数据来确定实验间相关性
●寻找受调控的同原蛋白和PTMs
●深入探讨谱图细节和鉴定数量
●直观而可信的鉴定蛋白质
●筛选目标蛋白并建立全面的鉴定结果列表
●链接GO数据库筛选蛋白分类
●支持自动化批量处理海量数据
Scaffold是一款符合工业标准的只有数据鉴定后处理软件，轻松地可视化、注释并分享您的蛋白质组学MS/MS数据。全数据已有数百个实验室使用并分享Scaffold的处理结果。
2、Scaffold Q+——iTRAQ/TMT定量结果整合、评估、比较
●可对iTRAQ，TMT和非标记样本定量结果进行分析
●包含多种群体检验方法
●同时比较多组实验结果
●内建定量置信度评估统计算法
可视化并快速比较多标记及多样本间蛋白质含量变化
快速追踪蛋白质的变化趋势，并统计评估定量数据
3、Scaffold Q+S—轻松评估、追踪SILAC定量结果
●评估2-plex和3-plex SILAC或二甲基化生物学样本定量效果
●包含多种群体检验方法
●同时比较多组实验结果
●强大的实验数据验证统计方法
●内建定量置信度评估统计算法
可视化并快速比较多标记及多样本间蛋白质含量变化
●查看SILAC，二甲基化试验中蛋白质变化趋势并生成报告
●支持Mascot；Proteome Discoverer；Maxquant定量结果
功能强大的统计评估功能
4、Scaffold PTM——翻译后修饰位点可行度鉴定评估
基于搜库结果的后修饰位点置信度评估，MOTIF鉴定及非标记定量，兼容PEAKS 后修饰鉴定结果。
●计算PTM位点置信度
●寻找Motif趋势并可视化
●A-score：标准位点置信度算法
●多组样本间比较位点差异
●联用Q+/Q+S对不同样本间进行位点差异定量
计算任何类型翻译后修饰位点置信度
Scaffold PTM采用AScore算法评估鉴定到的翻译后修饰位点的可信程度，包括研究最多的磷酸化、氧化、糖基化位点等
比较多个样本翻译后修饰位点及量变
Scaffold PTM能够使您快速比较样本间翻译后修饰位点的变化和发生后修饰的蛋白质量的变化，提供丰富的可视化工具帮助您快速选择感兴趣的后修饰
自动MOTIF计算和展示
采用ASCORE算法评估鉴定到的翻译后修饰位点的可信程度，包括研究最多的磷酸化、氧化、糖基化位点等
5、Scaffold DIA—基于DIA蛋白组学数据实验的蛋白鉴定、结果整合、总结、优化、定量和结果可视化的软件
和Scaffold产品线的其他软件类似，Scaffold DIA提供给用户友好的使用界面，提供结果报告及可共享的文件格式，并且为用户提供统计学分析。Scaffold DIA是基于帮助研究者完成基于DIA蛋白组学数据实验的蛋白鉴定、结果整合、总结、优化、定量和结果可视化的软件。
工作流程如下：
●一元化程序：从原始数据到结果
●可以搜索FASTA、DIA色谱图library或者Scaffold/Skyline导出的library
●不需要保留时间校正肽段
●直观的图形用户界面（GUI）
●可选择命令行接口
精确的碎片离子定量
使用碎片离子强度进行定量，避免来自母离子的干扰效应。Scaffold DIA进一步地利用碎片离子的峰型和cross-sample的一致性来获得更多的定量可信度。
以蛋白质结果为中心的显示界面
蛋白水平的FDR是由Percolator计算来进行质控的。此外，可调节的蛋白质水平FDR和肽段计数，允许对数据阈值进行调整。通过统计显著性分析、GO分类条目、修饰等对数据进行过滤。
灵活的复杂实验数据的整合
根据实验条件组织样本。定义组分、技术或生物学重复，并且也同时更新了Scaffold DIA统计学分析。
GO分析帮助你深入研究生物学意义
通过在蛋白质鉴定中国添加GO条目来获取对生物学功能的研究。Scaffold DIA提供饼图和聚类图来帮助评估结果的生物学意义。
包含主成分分析（PCA）的内置统计学分析
差异表达的视图和严格的统计检验得到的显著性，均由Scaffold DIA灵活的样品组织所管理。与PCA相结合，为探索性数据分析提供了理想的环境。交互型图形界面允许直接进行结果过滤，以及与其他视图整合。
团队协作以及简化发表
你可以给同事共享Scaffold DIA的文件，可以用免费的Viewer软件来进行查看。Scaffold DIA同时还包含了Excel格式的结果数据导出，以及文章发表级别质量的图像，便于用户直接使用。
