IPA Core Analysis功能-IPA 功能与使用-康昱盛

IPA支持的数据来源

IPA上传的数据类型

代表某个分子活性程度或者重要性程度的数字。IPA 可以识别不同类型的表达量。

操作

②上传数据

a) 从IPA应用菜单中选择 File>Upload Dataset...

b) 选中已经处理好的Excel数据表格。

c) 点击 Open.选中的数据会出现在 “Dataset Upload - …” 窗口。

h) 根据每一列的内容，从下拉菜单中选择相应的标题，ID和Observation。

i. 将分子列表一栏设为 ID。

ii. 实验数据第一列设为Observation 1。然后会出现新的下拉菜单。

iii. 从新的下拉菜单选择相应的数据类型（Fold Change, p-value)。

i）您可以将表格标题编辑为自己需要的标题

o) 点 Save保存. IPA将数据保存在您选中的文件夹中。

建立一个IPA Core Analysis

数据结果—Canonical Pathways

Canonical Pathways结果展示了数据集中最显著变化的通路信息，IPA使用 Fisher‘s exact test right-tailed方法计算显著性。该值显示数据集中相关分子与该Canonical Pathway有密切关联为随机匹配的概率。默认显示模式下，柱状图的高度显示该通路显著性-Log p-value，越高的柱子表明显著性越高。

单击 Stacked Bar Chart 按钮显示各个通路中上调 (红色), 下调 (绿色)和未发生差异表达的分子 (灰色)的数量。

点击 Customize Chart 按钮将弹出定制对话框。您通过该对话框可以去除柱状图中不想显示的通路，也可以使用P-Value Cutoff设置通路可信度最低阈值（默认值是-Log P=1）来去掉不想显示的低相关性结果。另外一些选项可以改变显示类型，或者使用另一套Benjamini-Hochberg打分算法。

当我们单击某个感兴趣的通路的柱子时，下方会显示该通路与我们的数据集相关的分子信息。点击基因名称可以打开其详细注释网页界面。

点击右侧 Open Pathway 按钮可以打开详细可互动的通路视图。其中与实验数据集相关的分子以粉红色高亮显示。这些分子在实验中的上下调信息同样分别以红色和绿色显示。您可以看到一些分子有双层边框，这类图标指代了蛋白复合物或者蛋白家族，并且其中有成员为数据集中分子。如果需要查看详细信息，右键单击这类分子并选择 “show members“。